1955年，钟南山考入北京医学院（现北京大学医学部）医疗系，但当时的社会状况使得他在毕业10年内一直与医生这个职业相距有点远。由于父母的身份问题，钟南山被打成“反动学术权威的后代”。从1960到1970年，他在学校当过辅导员，待过放射医学教研室，后来还去过农村，当过工人、校报编辑。直到1971年，他才从北京回到了广州，进了广州当时的第四人民医院。
